El ICEN fue creado mediante la ordenanza 732 del 4 de noviembre de 2013 y el Decreto Exento 0194 del 3 de febrero de 2014. Surge como un organismo dependiente de la Vicerrectoría de Investigación Innovación y Postgrado (VRIIP) con el propósito de impulsar la investigación en las áreas de Ciencias Exactas y Naturales.

En 2020, con el respaldo de la nueva Vicerrectoría de Investigación e Innovación (VRII), el Instituto se renueva con la participación de académicos de las áreas de Física y Matemáticas de la Facultad de Ciencias. En conjunto, estas dos unidades académicas colaboraron en la creación del programa de Magíster en Ciencias con Mención en Física Teórica, el cual inicia en 2021 y es acreditado por la CNA a inicios de 2022. Paralelamente, se trabajó en la creación del programa de Doctorado en Ciencias Físicas (consorcio UNAP-UBB), cuya primera cohorte inició en 2024.

En los últimos años, los miembros del ICEN han logrado la adjudicación de proyectos FONDECYT, tanto de Iniciación como Regular. Además, han patrocinado postulaciones para FONDECYT de Postdoctorado, lo que ha permitido la incorporación de dos investigadores postdoctorales en los últimos años. Esto ha contribuido a crear un entorno de investigación activo y colaborativo entre estudiantes de postgrado, investigadores postdoctorales y académicos, fortaleciendo la interacción científica. Este ambiente ha permitido también una mayor vinculación del Instituto con su entorno relevante, a través de la organización de charlas, seminarios, coloquios, workshops y escuelas. Asimismo, el ICEN ha recibido visitas y estadías de estudiantes de postgrado provenientes de otras instituciones, así como de destacados científicos nacionales e internacionales, enriqueciendo aún más su dinámica académica y de investigación.

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Contribuir al desarrollo de las ciencias exactas y naturales a nivel nacional e internacional a través de la generación de conocimiento de frontera, la formación de capital humano avanzado de excelencia en las líneas de investigación del instituto, y de la difusión del conocimiento a nivel regional, nacional, e internacional.

El ICEN busca ser un centro de investigación de excelencia, reconocido a nivel nacional e internacional, que promueve la descentralización científica en Chile, fomenta la movilidad social en la región y conecta la ciencias exactas y naturales con la sociedad.